除了嬰幼兒因腸胃功能未成熟之外，大部分人士服用益生菌後，都不會出現健康問題。但過去亦有海外研究指部分人士服用益生菌會引發過敏反應，例如輕微的胃部問題，包括胃部不適、脹氣、腹瀉或腹脹。
在極少數情況下，益生菌中的細菌或酵母菌可以進入血液並導致易感個體感染。益生菌感染風險最大的人主要是免疫系統出現問題的人、剛接受過手術的人或患有其他嚴重疾病的人士。
消委會解構40款益生菌補充劑 嬰幼兒亂服恐有副作用
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